浙江绍兴山阴县（今浙江绍兴）人，原籍浙江诸暨。文学家、美学家、教育家、政治活动家。1901年到上海出任南洋公学特班总教习。1902年发起创立中国教育会，并创办爱国学社、爱国女校。1904年发起组织光复会、任会长。1905年参加同盟会，为上海分会负责人。主编《警钟》日报。1907年赴德国留学，在莱比锡大学学习哲学、美学、心理学、文学、文明史。辛亥革命后回国，任南京临时政府教育总长，致力于教育改革，推行新学制，废止读经。因不满袁世凯擅权，辞职后再赴德、法留学并考察教育。1917年任北京大学校长，提倡“学术自由”，主张对新旧思想学术“兼容并包”，使北京大学的成为新文化运动的发祥地。1919年五四运动爆发后被迫辞职。1927年任大学院院长，后改任监察院院长，创建中央研究院，规划新的科研体系，并实施了一些科研计划。“九一八”事变后主张抗日，与宋庆龄等组织中国民权同盟，任副主席，为营救进步人士作了大量工作，抗日战争爆发后，积极主张对日作战。著有《中国伦理学史》《石头记索隐》等。作为教育家，蔡元培首倡国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、和美育“五育”并举的教育方针，为近代教育的发展产生了深远的影响。
1924年8月，私立青岛大学成立，蔡元培被聘为学校名誉董事；1929年6月，任国立青岛大学筹备委员会委员，力主将国立山东大学迁至青岛，易名为国立青岛大学重新筹办,举荐杨振声出任校长，并积极为学校筹措经费。
1940年3月5日病逝于香港。毛泽东称他为“人世楷模、学界泰斗”。